2006年公司經營面臨管道沖擊、油價高企和國際運價波動的多重考驗，通過開拓海上運輸業務，落實應對沿江管道對策措施，保持了業務轉型過程中經營業績的相對穩定。2006年公司共完成貨運量1839萬噸，周轉量412億噸千米，實現運輸收入12.13億元、發生運輸成本8.52億元，分別為年度計劃的100.49%、113.50%、102.07%、104.30%。凈利潤同比減少6103萬元，減少比例為25.46%，主要原因是:沿江管道開通，公司長江運輸收入下降，毛利率下降；燃油價格上漲，公司燃油成本上升；長江航道養護費大幅上升。
公司運輸業務結構發生了顯著變化。受沿江管道替代影響，長江原油運量大幅下降，收入下滑；新增2艘海上油輪、期租經營2艘油輪以及平均運距的延長，使海上石油運量和周轉量大幅增長，收入增長。2006年，公司共實現海運收入71,761萬元，海運利潤21,091萬元，分別占公司運輸收入的59.15%、主營業務利潤的61.82%，已成為公司收入的主要來源。
公司優勢：作為從事石油運輸的專業化公司，經過多年的發展，擁有熟練的專業技術人員和豐富的危險品運輸經驗；海運船舶新、船齡短，全部為雙殼船，能滿足相關國際組織對環境保護的要求；造船時機把握得較好，船舶的建造成本較低。公司在航的所有萬噸級以上油輪均在2001年-2004年船價低位購置，且在建所有船舶的合同價格也較低；公司所有的造船訂單均已全部落實，今后幾年發展的基礎已經穩固；中國石化集團與本公司的實際控制人-中國長航集團簽訂了《加強合作備忘錄》和《運輸合作協議》，運量和運價有充分的保障
主要困難：沿江管道建成后，公司的長江運力富余現象明顯，面臨分流人員、處置資產等問題；海上運力規模依然偏小，競爭能力不強，尚未形成明顯的品牌優勢。受主業規模擴張需要，公司大幅舉債，目前尚有8艘(含2007年交付1艘)運力在建，還需籌資近37,300萬美元，公司融資和財務壓力較大。
公司目前在建船還有8艘(運輸能力50萬噸)將在2007-2009年陸續投入運營(增長120%以上)，公司運輸能力將從目前39萬噸增長到89萬噸，公司未來增長潛力比較大。
2006年公司報告每股收益為0.35元，對應目前股票價格的市盈率為25倍。我們預計2007年和2008年公司收入將分別增長15%和30%，每股利潤將達到0.42元和0.53元，對應公司股票動態市盈率為21倍和16倍，高于國際水運公司平均市盈率為14倍的水平，比較我們2006年10月22日“推薦”評級后已經上漲90%左右，股票價格基本反映了未來兩年公司業績的增長。現在我們將南京水運公司的評級下降為“中性”。
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