根據國際慣例，中國對大多數出口產品實行增值稅退稅或免稅，僅對少部分不鼓勵出口的貨物征收出口增值稅。根據增值稅征管相關法律法規，國家已經明確取消出口退稅的貨物，按國內銷售稅率征收增值稅(或免征增值稅)。自上世紀90年代開始少量出口尿素以來的二十多年里，中國尿素出口經歷了13%全額出口退稅、部分退稅和取消退稅，2014年相關部門又開始醞釀恢復征收增值稅。

中國尿素出口增值稅退稅始于稅制改革的1994年，直至2004年3月15日停止退稅。1994年1月1日起，《增值稅暫行條例》實施，國內生產銷售尿素產品由產品稅改按13%低稅率征收增值稅。同時，與其他化工產品一樣，出口尿素實行增值稅零稅率，即退還國內生產銷售環節實際負擔的增值稅(13%退稅率)。1995年7月1日起，在其他商品普調過程中，尿素出口增值稅退稅率下調至10%;1996年1月1日起，再次下調至6%。盡管有出口退稅政策，但當時中國是尿素凈進口國，只有在國內銷售淡季部分沿海工廠少量出口。1994-1996年度，全國尿素年度出口量分別為5.6萬噸、4.7萬噸和19.7萬噸。

1999年至2003年，在出口退稅政策的促進下，中國尿素出口迅速增加。亞洲金融危機后，為了促進出口，國家又多次上調出口商品的退稅率，尿素出口退稅率又分別于1999年1月1日和1999年7月1日起上調至9%和13%。1999年7月1日至2003年年底，這四年半的時間內，尿素出口13%全額退稅。再加上國內生產環節增值稅2001年度先征后返、2002年度先征后返50%的疊加效應，中國尿素出口競爭增強，出口量快速增加。2001年度中國尿素出口首超百萬噸大關，達127.1萬噸;2003年度出口量達273.0萬噸。

2004年起，將“三農”工作列為“重中之重”新一屆黨中央和國務院，把農業生產資料的國內供應和價格調控作為保障三農利益的一種措施，尿素的出口政策從此進入了限制出口的新階段。加入了WTO后，中國外貿出口快速增長，全額退稅也成了財政支出的一大負擔。2003年底，國家啟動出口退稅制度改革，整體降低了出口退稅率水平，實行了部分退稅代替全額退稅、增設不予退稅品種等結構性調整。2004年1月1日起，尿素出口由13%全額退稅調低為11%退稅率;2004年3月16日起，尿素出口退稅暫停一年，這也是唯一一次在國務院文件直接明確尿素產品出口退稅政策。由于國際尿素市場價格較高，暫停退稅雖然相應降低了競爭力，但2004年度中國尿素出口量仍創歷史紀錄，全年出口394.3萬噸。隨后，尿素暫停退稅逐年順延至今，成了長期不予退稅的貨物。

根據財政部、國家稅務總局《關于出口貨物退(免)稅若干具體問題的通知》(財稅[2004]116號)，已經明確出口不予退稅的貨物，視同國內銷售征收增值稅。2004年3月16日當時的尿素國內銷售增值稅政策是：尿素生產企業生產銷售尿素是先征后返50%政策，取消退稅后再出口的尿素13%征稅后再按實際稅負的一半返還生產企業;而貿易企業批發、零售尿素按財政部、國家稅務總局《關于農業生產資料征免增值稅政策的通知》(財稅[2001]113號)規定免征增值稅，取消退稅后再出口尿素的貿易企業也視同國內批發免征增值稅(同時從生產企業取得的進項稅不得抵扣，直接計入成本)。

2005年7月起，由于尿素國內銷售變為免稅，出口尿素按稅法規定也免征增值稅。經國務院同意，2005年5月23日財政部、國家稅務總局發布《關于暫免征收尿素產品增值稅的通知》(財稅[2005]87號)，自2005年7月1日起，對國內企業生產銷售的尿素產品增值稅由先征后返50%調整為暫免征收增值稅。此時再出口尿素產品，不管是生產企業還是貿易企業均執行視同內銷的免征增值稅政策。

2014年國家有關部門開始醞釀化肥行業增值稅改革。若恢復征收增值稅的政策得以通過并實施，根據《增值稅暫行條例》所有化肥產品(除已經列入民爆用品管理的硝酸銨)適用13%低稅率，尿素出口也視同內銷按13%稅率征收增值稅。同時，尿素生產企業購時煤炭、電力、天然氣、包裝袋等所支付的價款中對應的增值稅進項稅額可以抵扣，另外企業支付的動產設備、原料及成品的運輸費用也可以按增值稅專用發票注明的稅額作為進項抵扣。從一般納稅人購進的煤炭、電力、包裝、動產設備對應的增值稅稅率為17%，天然氣稅率為13%，營改增后的運輸費用為11%。以煤炭和運費為例，免稅時計入成本的585元/噸和111元，征稅后分別扣除進項85元/噸和11元，計入成本時分別為500元/噸和100元。所以，從財務成本角度講，同樣毛利情況下，恢復征收增值稅尿素產品的生產成本是下降的，含稅售價會小幅上升。

但是，按照增值稅征管原理，自恢復征收之日起再銷售(含出口)的尿素產品，就要按收到的總價款分按100：13分出銷售價款和增值稅額。但是，恢復日之后再購進的原材料、運輸服務等才可以抵扣，而之前購進的存貨并不能抵扣。所以，企業持有的恢復日之前的存貨銷售對應的增值稅會增加企業負擔。根據財政部、國家稅務總局《關于出口貨物勞務增值稅和消費稅政策的通知》(財稅[2012]39號)，一般納稅人出口不予退稅的貨物銷項稅額公式計算為：

銷項稅額=出口貨物離岸價÷(1+適用稅率)×適用稅率

2015年1月1日起若恢復征收13%增值稅，出口關稅和出口環節增值稅均成了FOB的價內稅。企業不僅要從FOB價中內扣出80元/噸的關稅上交給海關，還要將出口銷項稅額與可抵扣的進項稅額之差交給國家稅務局。對于企業之前購入的尿素存貨來說，則承擔了更不合理的過重稅負。由于沒有進項抵扣，恢復征收增值稅前購進用于出口的尿素存貨，每噸則要增加300元左右的稅負。