盡管山西省政府宣稱煤炭資源整合已取得階段性成效，但隨著該省一批大型煤炭企業的橫空出世，一系列亟待善后的問題也浮出水面。
據了解，目前比較棘手的問題是停產的礦井何時能夠完成技改、投入生產。在今年年初，整合后的 1000余座礦井中僅有400多座在正常生產，其他的600多座需要通過技術改造，使之采礦條件達標之后才能投入運作。這600多座礦井何時能夠通過技改投入生產，這對于山西省煤炭產量的提升，以及全國下游煤化工產業的發展來說至關重要。
此外，山西如何借煤改東風實現產業升級也是需要正視的問題。據了解，山西省建設國家資源型經濟轉型發展綜合配套改革試驗區的申請已經被國家相關部門接受，目前正在批復中。憑借此次山西煤改的東風以及建設中西部能源經濟特區的有利條件，實現山西煤炭工業的可持續發展是山西省接下來煤炭行業的發展方向。大力發展煤炭行業的下游產業與相關產業，提高煤焦電化一體化程度，促進現代煤化工的發展以及煤炭資源清潔利用技術的推廣是山西省煤炭業應該思考的發展方向。
根據2009年出臺的《山西省煤化工產業調整和振興規劃》，到2011年，山西煤化工產業銷售收入達到850億元，而這將比2008年的507億元增長逾67%，增長近七成。業內人士表示，要想實現這個目標，必須解決煤改過程中浮現出來的這些問題。
據了解，經過一年多強力推進，山西省煤礦井由2600座減少到1053座，辦礦主體由2200多個減少到130個，70％的礦井生產規模達到90萬噸以上，30萬噸以下煤礦全部淘汰，保留礦井全部實現機械化開采。截至當前，煤礦整合重組協議簽訂率已達到98.5％，兼并重組主體到位率達到96％，采礦許可證換證率達到90％，被整合重組煤礦符合條件的正陸續復工復產，保留礦井技術改造有序進行，部分資源枯竭、不具備安全生產條件的礦井正在實施關閉。
