草甘膦的推廣應用面臨三方面的問題。
    　　
    一是抗性。草甘膦長期使用勢必產生抗性。抗草甘膦轉基因作物已在23個國家的1.14億公頃土地上種植，目前已發現對草甘膦具抗性的雜草有35種。由于抗草甘膦轉基因作物的根茬、種子存在，會形成抗草甘膦的“自生作物”，嚴重影響產量、品質，需使用抗草銨膦等其他除草劑。另外，一些抗草甘膦作物會與某些雜草雜交，產生抗性雜草。

    二是資源。草甘膦的主要原料磷是一種非再生資源，同時也是一種人類生活中必不可少的重要物質。磷更是一個重要戰略物資。據估計，中國高品位磷資源按現在的用量，只能保證未來20年使用。因此，開發一些非磷的非選擇性除草劑來替代含磷非選擇性除草劑用于轉基因作物，是大勢所趨。
    　　
    三是品種。如前述的抗性原因和資源原因，人們在繼續發展轉基因作物的同時，還積極開發抗其他除草劑的轉基因作物，同時開發其他非選擇性除草劑用于替代草甘膦等。草銨膦、草硫膦、溴苯腈等與草甘膦是既競爭又互補的非選擇性除草劑。這些除草劑也有它的轉基因作物，其中草銨膦至今未發生抗性。除此之外，還有抗ALS抑制劑、轉基因作物抗HPPP抑制轉基因作物等。
    　　
    除草劑2,4-D與麥草畏的抗性轉基因作物，估計不久可上市。另外，抗麥草畏的轉基因大豆、玉米將于2012年上市。據報道，這種轉基因大豆可耐2.8千克/公頃計量的麥草畏，此兩種除草劑價格低廉，它們的轉基因作物上市后，將對草甘膦形成很大沖擊。